其实是分别生成了两个AppID，虽然都是同一个主体下的，但不是基于微信公众号申请的微信小程序，这样还可以实现互通吗？

我指的互通意思是：比如可以从微信公众号的菜单跳到微信小程序，或者是从微信小程序导流到微信公众号